Pada suatu malam yang gelap, polisi Jepang digerebek oleh seorang mata-mata. Berbagai badan intelijen negara—seperti MI6 Inggris, BND Jerman, dan CIA Amerika—serta berkas-berkas rahasia FBI akan diambil, tetapi petugas keamanan publik yang dipimpin oleh Tooru Amuro tiba tepat pada waktunya. Mata-mata itu mencuri sebuah mobil dan melarikan diri. Mata-mata itu dan Amuro kemudian terkunci dalam situasi yang tidak menguntungkan di jalan raya, dan tepat saat akan menyebabkan kecelakaan dengan beberapa mobil, mobil mata-mata itu terkena peluru senapan agen FBI Shuichi Akai dan jatuh dari jalan raya. Keesokan harinya, Conan dan teman-temannya pergi ke akuarium yang baru saja direnovasi di Tokyo. Di bawah atraksi utama, sebuah bianglala, Conan menemukan seorang wanita cantik sendirian dan terluka. Mata kiri dan kanannya memiliki warna yang berbeda.