Pada hari baru di wilayah Kanto, Satoshi diundang oleh Profesor Yukinari Ookido ke upacara pembukaan lab Profesor Sakuragi di Kota Vermillion. Selama pidato seremonial, Profesor Sakuragi menerima peringatan tentang kemungkinan munculnya Pokémon langka di pelabuhan Kota Vermillion, yang membuat Satoshi dan pelatih lainnya bergegas ke daerah itu dengan harapan menemukan Pokémon misterius itu. Di pelabuhan, mereka menemukan Lugia—Pokémon Legendaris—terlibat dalam pertempuran dengan pelatih lain.
