Delapan tahun setelah peristiwa Macross F , sebuah fenomena misterius yang dikenal sebagai Var Syndrome secara bertahap memakan galaksi. Terserah generasi baru pilot Valkyrie berkemampuan tinggi untuk menghadapi ancaman universal ini. Dan jika mereka belum memiliki cukup persediaan, tim petarung Aerial Knights Valkyrie dari Kerajaan Angin telah datang untuk menantang Skuadron Delta.
